Na národnej úrovni najmä spolupráca so správcom tokov (SVP, š.p.) a rezortnými organizáciami (SHMÚ, ŠGÚDŠ, ŠOP SR, VV), ktoré pôsobia v oblasti vôd a ich ochrany. VÚVH spolupracuje na národných i medzinárodných projektoch, ktoré riešia rôzne aspekty hospodárenia s vodou a ochrany vôd v nadväznosti na európske smernice v oblasti vôd. V oblasti výskumu sa spolupráca sústreďuje na vedecko-výskumné inštitúcie, univerzity a ústavy akadémie vied SR. V rámci veľmi dobrej spolupráce s neziskovým sektorom (BROZ, WWF) sa dostávajú výsledky aplikovaného výskumu do praxe – na rieky, mokrade a záplavové územia slovenských riek.
