Ekologický stav/potenciál povrchových vôd. Vykonávame hodnotenie ekologického stavu vodných útvarov Slovenska, ktoré pozostáva z hodnotenia stavu prirodzených tokov a potenciálu vo výrazne zmenených a umelých vodných tokoch, prípadne v ich úsekoch. Stav spoločenstiev vodných organizmov stanovujeme na základe zistených odchýlok od referenčného (bez vplyvu človeka), resp. prirodzeného stavu (bez fyzikálnych úprav, regulácií a znečistenia).
Hodnotiace systémy. Vyvíjame klasifikačné schémy na hodnotenie stavu/potenciálu vôd na základe vodných spoločenstiev. Princípom je výber vhodných hodnotiacich metrík/indexov s cieľom správneho nastavenia ich hraničných hodnôt pre zatriedenie do tried ekologického stavu/potenciálu. Pri vypracovaní hodnotiacich systémov zosúlaďujeme klasifikačné schémy s hodnotením podporných prvkov kvality (hydromorfológia, fyzikálno-chemické ukazovatele).
Vplyv ľudskej činnosti na vodné ekosystémy. Vyhodnocujeme vplyvy antropogénnej činnosti a využívania vôd (priemysel, poľnohospodárstvo, doprava, urbanizácia, rekreácia, …) na vodné ekosystémy. Hlavný dôraz sa kladie na hydromorfologické zmeny, organické znečistenie, znečistenie živinami, znečistenie prioritnými látkami a látkami relevantnými pre Slovensko. Riešime aktuálne problémy vplyvu extrémnych prejavov zmeny klímy, nedostatku vody a vplyvu sucha na vodné ekosystémy.
Invázne a nepôvodné druhy. Skúmame výskyt inváznych a nepôvodných druhov rastlín a živočíchov vo vodnom prostredí. Sústreďujeme sa na možnosti ich šírenia a negatívneho ovplyvňovania populácií pôvodných druhov a biotopov, aj s ohľadom na prebiehajúcu zmenu klímy. Skúmame negatívny vplyv dominancie inváznych druhov v akvatických spoločenstvách na možné narušenie funkčnosti ekosystémov vo vzťahu k zhoršovaniu ekologického stavu vôd. Osobitnú pozornosť venujeme prítomnosti inváznych druhov rastlín v spoločenstvách brehových porastov, ktoré sú vhodným biotopom pre ich expanziu.
Spoločenstvá vodných organizmov. Dlhodobo sledujeme a skúmame stav spoločenstiev fytoplanktónu, fytobentosu, vodných makrofýt, bentických bezstavovcov a rýb najmä za účelom posúdenia ich zmien v čase ako aj vo vzťahu k ekologickému stavu povrchových vôd. Spoločenstvá vodných organizmov analyzujeme tiež vo vzťahu k rôznym typom narušenia hydromorfológie tokov. V rámci monitorovania skúmame zmeny ku ktorým v tejto oblasti došlo po realizácii revitalizačných opatrení.