V súčasnej dobe je VÚVH ústrednou vedeckovýskumnou inštitúciou pre odvetvie vodného hospodárstva s celoslovenskou pôsobnosťou zameranou na zabezpečovanie úloh aplikovaného výskumu v oblasti vodného hospodárstva a riešenie vodohospodársko-ekologických problémov v celom komplexe. VÚVH sa riadi štatútom, ktorý vymedzuje predmet činností a organizačným poriadkom ústavu, ktorý špecifikuje zásady a úrovne riadenia a organizačné členenie ústavu. Rozsah problematiky v oblasti vôd, ktorou sa ústav zaoberá umožňuje riešenie aj širšie zameraných interdisciplinárnych vedecko-výskumných projektov. VÚVH zabezpečuje činnosti v oblastiach:
- vedecko-výskumných, vývojových, metodických a expertíznych činnostiach v odboroch hydrológie povrchových a podzemných vôd, riečnej morfológie, hydrauliky tokov a objektov, revitalizácie a obnovy riečnych systémov a mokradí, kvality podzemných a povrchových vôd, technológií čistenia odpadových a úpravy pitných vôd
- implementácie EÚ legislatívy v oblasti vôd a vodného hospodárstva pre zabezpečenie plnenia požiadaviek vyplývajúcich z európskych smerníc, vrátane koordinácie
- výkonu funkcie Národného referenčného laboratória pre oblasť vôd na Slovensku, v zmysle platnej legislatívy
- ekológie a ochrany vodných ekosystémov
- manažmentu povodí a plánovania vo vodnom hospodárstve
- skúšobníckej, kalibračnej a overovacej činnosti
- informačného systému vo vodnom hospodárstve
- odborného poradenstva, vzdelávania, publikačnej a vydavateľskej činnosti.
Významnou súčasťou VÚVH sú činnosti vykonávané v Hydraulickom laboratóriu a Národnom referenčnom laboratóriu pre oblasť vôd na Slovensku. Mnohé vedecko-výskumné činnosti VÚVH sú v rámci SR jedinečné a nezastupiteľné.
Hydraulické laboratórium VÚVH ako jediné na Slovensku poskytuje možnosti pre aplikovaný hydraulický výskum riečnych systémov a objektov na tokoch s využitím fyzikálnych modelov strednej i veľkej mierky. V rámci Hydraulického laboratória ústav disponuje dvomi halami. Hala 1 má rozmery: 90 m x 23 m (využiteľná plocha 12,5 m x 68 m, max. prietok 600 l/s). Hala 2 má rozmery: 41 m x 24 m ( využiteľná plocha 8 m x 20 m, max. prietok 300 l/s, sklopný žľab: 1 m x 25 m). Kalibračné laboratórium vodomerov a prietokomerov je súčasťou haly 1 s merným žľabom dĺžky L= 68 m. Vykonávajú sa tu akreditované a autorizované merania v súlade s platnou legislatívou SR a medzinárodnými systémami kvality.
V hydraulickom laboratóriu sa vykonáva výskum dynamiky prúdenia a transportu sedimentov v riečnych systémoch. Fyzikálne modely sa využívajú na výskum a posúdenie hydraulických podmienok vodohospodárskych objektov a prehodnotenie ich bezpečnosti. Analýzy a posúdenie podmienok prúdenia vôd a transportu sedimentov na vodných tokoch sa vykonávajú za účelom overenia stavu protipovodňovej ochrany, overenia účinnosti a optimalizáciu scenárov navrhovaných revitalizačných schém a/alebo posúdenie vplyvu vodohospodárskych opatrení na podmienky prúdenia a morfológiu riečneho dna.
Národné referenčné laboratórium pre oblasť vôd na Slovensku využíva najnovšie prístrojové vybavenie a postupy pre výskum znečistenia povrchových a podzemných vôd. Je metodickým centrom a preto zabezpečuje metodické usmernenie pre ďalšie organizácie pôsobiace v rezorte. Národné referenčné laboratórium pre oblasť vôd na Slovensku sa zaoberá výskumom, komplexnou analýzou zloženia a znečistenia rôznych typov vôd a súvisiacich matríc, mikrobiológie vôd a štúdiom vôd na základe indikačných schopností vodných spoločenstiev.
Terénny prieskum je viazaný na konkrétne úlohy a projekty, ktoré súvisia s problematikou monitorovania povrchových a podzemných vôd, riečnych procesov a hydromorfológie riek a vodných nádrží, dynamiky prúdenia a prietokového režimu riek vo vzťahu k rôznym typom antropogenického ovplyvnenia. V oblasti morfológie riek a vodných nádrží je to najmä zameranie topografie koryta a inundácie a súvisiace fyzikálne procesy. Terénne práce, merania a pozorovania sú aj súčasťou dlhodobých, komplexných programov monitorovania ako aj špecificky zameraného cieleného monitoringu povrchových a podzemných vôd. Vykonávajú sa s najnovším prístrojovým a technickým vybavením vrátane využívania diaľkového prenosu dát.
Výskum transportu sedimentov sa vykonáva v nadväznosti na výsledky výskumu, ktorý sa realizoval na v 60-tych rokoch minulého storočia na Dunaji a vychádza z priamych meraní prietoku splavenín a plavenín. Koncom 90-tych rokov a v období 2006 – 2008 sa vykonali série meraní prietoku splavenín na Dunaji a Morave s lapákmi typu: švajčiarsky a Helley Smith (VÚVH modifikácia) a série celo-profilových meraní prietoku plavenín. V súčasnej dobe sa plaveninový režim Dunaja sleduje klasickou metódou integračných odberov (most Lanfanconi), ale aj progresívnymi metódami s využitím laserových prístrojov (s kontinuálnym záznamom meraných hodnôt), ktoré sú súčasťou medzinárodnej siete pozorovacích staníc na Dunaji.